Durante los años 2000 el Club Deportivo Universidad de Zaragoza fue el segundo filial del equipo conocido además como Real Zaragoza «C». A finales de julio de 2007 el club tenía 36 millones de libras en deudas. El actual director de la cantera es Ramón Lozano, y Ángel Espinosa el coordinador de la misma. Coordinador del Fútbol Formativo: Ángel Espinosa.