Hacía tiempo que lo equipos venían demandando un organismo regulador que se viera en la tarea de arbitrar los torneos, con el objetivo añadido de enviar un representante del archipiélago al Campeonato de España de Copa de manera legítima. La temporada 2005/06 se iniciaría con un nuevo entrenador, Juande Ramos, y estaría marcada por las celebraciones asociadas al centenario del club y, en lo deportivo, por la consecución por vez primera de un título europeo al ganar la Copa de la UEFA en la final disputada en la ciudad neerlandesa de Eindhoven.